Réunions tous les mardi des semaines impaires !

LES OUTILS DE CHEMHOUSE
- Espaces partagés :
1°) (google drive) : https://drive.google.com/drive/folders/0BwIUrH4baoJMfkUyOE1QZHN1dlBCZkVQdE14eC1Oc2twdno5WjFOZTVfWWE2ZHNaTEJCSms?usp=sharing
2°) https://groupes.renater.fr/sympa/d_read/chemhouse/Presentations-seminaires/ accessible en se connectant au groupe Renater.
ou https://groupes.renater.fr/sympa/d_read/chemhouse/
3°) dépôt logiciel : https://framagit.org/chemhouse_repository/chemometrics_toolbox

Espaces collaboratifs
site web-wiki collaboratif pour les comptes-rendus des réunions ChemHouse : https://wikis.cdrflorac.fr/wikis/Chemoocs//wakka.php?wiki=ChemHouse
Chaine Youtube de Chemproject https://www.youtube.com/channel/UClBucJLCJuIfdK_ogmnwAgg/?sub_confirmation=1

TODO list :
JMR : demander au département NUMM un modèle pour la demande de financement (1: demander à CG les détails, 2: demander à H Monod 3: ouvrir un doc google)
Construire les pages du site web  ChemProject avec : les cartes de visite des gens, une présentation générale, les thèses et stages en cours :
https://chemproject.org/wakka.php?wiki=PresentationChemhouse/edit&theme=chemproject&squelette=responsive-1col.tpl.html&style=chemproject.css&bgimg=&body=Pr%C3%A9sentation&newpage=1
Atelier sur la simulation de spectres (créer jeu de données pour vérifier la sélection de valeurs latentes, ...)




Réunion ChemHouse 22/10/2019, 8h30
Lieu : IRSTEA salle Bibliothèque Minea
Présents : Pierre ROUMET, Jhon BUENDIA, Antoine LABORDE, Andriambelo Radonirina RAZAFIMAHATRATRA (Rado), JM ROGER, Vincent SEGURA, Martin ECARNOT, Alexandre MALLET, Valentin AVIT, Nathalie GORRETTA, Gilles CHAIX, Maxime RYCKEWAERT, Belal GACI, Maxime METZ, Silvia MAS-GARCIA,
Visio : Virginie ROSSARD, Remi SERVIEN, Abderhammane AIT KADDOUR, Fabien GOGÉ


ODJ :
  • Présentation Maxime R :
  • accueil d'un nouvel arrivant : Rémi Servien
  • présentation V Segura : sélection phénomique
  • retour sur la conférence "useR!" (LBE : Alexandre Mallet et Kevin Bonnot) - 15-20 min
  • retour rapide sur les journées APSEM (mais possibilité de faire un exposé + long + tard) : http://devlog.cnrs.fr/apsem2019#programme
  • retours sur  HelioSPIR 2019
  • formation au logiciel R puis une autre au package Rnirs
  • participation au congrès de chimiométrie à Louvain en Belgique : qui participe, qui présente et qui fait le challenge ?

1 - Présentation Maxime R :
- Répétition de sa soutenance de thèse, prévue le 7/11/19
- questions scientifiques principales
o Analyse de variances sur des spectres (REP-ASCA)
o Construction d’une image hyperspectrale à partir d’une image RGB et de quelques spectres
- Application sur phénotypage maïs / stress hydrique
- Très bons résultats
2 - présentation V Segura : sélection phénomique
- Ce qui se fait : modèle de régression entre les caractéristiques génomiques (SNP) et les phénotypes (sélection génomique)
- Idée : remplacer les SNP par des spectres infrarouges. P ex, prédire le rendement d’une variété de blé à partir de spectres des feuilles.
- Applications :
o Blé (Clermont Ferrand), spectre sur feuille et grains
o Peupliers (Orléans et Sagliano), spectre sur bois (broyé)
- Analyse de variances longueur d’onde par longueur d’onde -> il y a de l’info génétique dans les spectres
- Modèles meilleurs sur blé que sur peupliers, et meilleurs que via les SNP
- Spectre = empreinte digitale (idée de thème  HelioSPIR : SPIR phénotypage / génétique)

3 - Accueil d'un nouvel arrivant : Rémi Servien
 BioStatisticien venant de Toulouse, en autorisation d’exercer au LBE
Département INRA - SA, mobilité vers EA (ou u au LBE

4 - Retour sur la conférence  UseR (Alexandre Mallet)
Conférence en alternance Europe / USA, Toulouse 2019
Kevin et Alexandre ont été invités à cette conf, dont Rémi était un des organisateurs
Des choses sur :
shiny
multivarié
développement et outils
Communauté dynamique et diverse

Visualisation des données en grande dimension
On utilise de la réduction de dimension
Tour = Ensemble de projections représentatif des “parcours” ( TourR)
Permet d’identifier des structures dans les points :
clusters
points isolés
gradients, etc.
ex: rotation en 3D, puis 6D, sans réduction de dimensions

Exploration des données

Différents tours (grand, guidé, manuel)
package R tourr
Exemple sur spectres d’huiles d’olive ( CheMoocs)

5 - retours sur  HelioSPIR 2019
Très bonne édition ; Cf mails de Pierre Dardenne et Véronique Bellon Maurel
Les TP s’essoufflent un peu...
Prochaine édition à Nantes

6 - formation au logiciel R puis une autre au package Rnirs
Demande de Karima pour être formée à R et Rnirs
Proposition de deux sessions de formation dans ChemHouse :
prise en main de R en lien avec de la spectro, en complément d’une formation de base (Mooc, livre, etc.)
présentation TD du package R-NIRS

7 - participation au congrès de chimiométrie à Liège en Belgique :
du 27 au 29 janvier 2020 ; UNIVERSITE DE LIEGE – CIRM
qui participe, qui présente et qui fait le challenge ? On voit ça la prochaine fois.



Réunion ChemHouse 08/10/2019, 10h
Lieu : IRSTEA salle Bibliothèque Minea
Présents : Héloise, matthieu, maxime, maxime, jean-claude, martin, jean-michel, silvia, belal, valentin

Visio :Céline, fabien, fabrice

ODJ :
  • présentation  HelioSPIR de Céline, et autres si besoin
  • déploiement de  ChemFlow (F Davrieux, en visio)
  • dépôt logiciel ChemHouse (JMR)
  • Chemomics: inscrits

1. Chemomics:
  • Peu d'inscrits (20 personnes, certains n'ont pas le profil)
  • Peut on faire la fine bouche? Soit on annule parce que les gens n'ont pas le profil, soit on adapte au public.
  • voir Christophe car annonce non diffusée à Irstéa


2. Déploiement de  ChemFlow (F Davrieux, en visio)
Chercheur au CIRAD à la réunion, sur SPIR pour les produits tropicaux
Contrôle analytique, principalement par SPIR
Gros projet Bill Gates :
  • phénotypage haut débit des tubercules + bananes, pour sélectionner des variétés riches en caroténoides, etc. et qui présentent des caractéristiques intéressant le consommateur
  • FD coordonne le package de caractérisation non destructive
  • Se confronte au problème des logiciels
  • Pas de budget pour acheter des logiciels
  • > décision de s'orienter vers l'open source, sans avoir besoin de coder
  • donner aux collègues, qui ne sont pas des chimiométriciens, un outil adapté
 ChemFlow est le plus adapté à son problème

3 options, avec avantages et inconvénients :

  • 1- connexion au serveur :
    • avantages : partage code et données, logiciels à jour automatiquement, puissance du serveur, compatible avec tout terminal, science reproductible
    • inconvénients : nécessité d'une connexion, dépendance de la disponibilité du serveur
    • note: a priori, pas de problèmes de connexion en Afrique/Amérique du Sud

  • 2- machine virtuelle :
    • avantages : autonomie, pas besoin de connexion, on peut choisir sa version, confidentialité assurée
    • inconvénients : pas compatible avec smartphone et tablettes, pas de mise à jour, pas de collaboratif, limité par la puissance de l'ordi

  • 3- chromebook équipé : idem machine virtuelle, sauf qu'on livre l'ordinateur
    • avantages : les mêmes que machine virtuelle
    • inconvénients : les mêmes que machine virtuelle+ maj du système d'exploitation
      • note: solution non retenue

Prévision: fin 1er trimestre 2020
Pour décider: formation Chemflow + travail sur des données de Fabrice (exprimer les besoins)
FD a besoin :
- d'un espace pour les données, partagé entre instituts
  • FAIT -> vérifier s'il existe la notion de groupe dans galaxy, et comment la gérer: oui elle existe; facile à gérer (JC, Martin)
  • d'être formé à  ChemFlow
  • JMR, JCB -> organiser une visio avec FD
  • de former des full scientists anglophones (2 personnes par institut) :
    • IIITA, Nacrri, NARL, NRCRI, CIAT, CIP
      • en les faisant venir à Montpellier
    • FD -> organiser une formation pour 15 personnes. Contenu :  ChemFlow
  • avoir un lien facile entre les machines et  ChemFlow : Chemflow accessible depuis la machine d'acquisition des spectres et transfert des données facilité vers Chemflow
    • FD -> trouver une ressource pour travailler sur l'automatisation des tâches de chemflow(importation, exportation, workflows) ->problème d'embaucher un CDD par le Cirad ; sera plus certainement un stagiaire
    • Question à poser avec le mécénat de compétences

Pour fin 1er trimestre 2020 :
formations faites
FD + chemhouse : workflows de traitement
groupes créés


3 - Présentation de Céline Chauvergne ( HelioSpir)

BOM DIA DU BRESIL (Gilles au petit dej)




Réunion ChemHouse 24/09/2019, 10h
Lieu : IRSTEA salle Bibliothèque Minea
Présents : Matthieu, Belal, Maxime R, Maxime M, JM Roger, JC Boulet, Gilles
Visio : Fabien, Céline

ODJ :
# Alexandre : on devait vous faire un retour avec Kévin de la conf useR!, mais j'ai reporté à la prochaine fois à nouveau car cette fois-ci c'est moi qui suis pris par  BioEnTech la matinée...:/

- webinaires  CheMoocs: fixer date
- infos Chemomics
- idées de présentation à chimiométrie
- présentation résultats Matthieu
- enregistrement témoignages ; Florac
- proposition d'une présentation Denis Cornet Gregory Beurrier (Cirad Agap) du type "Machine learning and model ensembling allow for the development of a generic and performant NIRS calibration pipeline"
- convention accueil Gilles Chaix à ChemHouse (pour le moment sans frais d'accueil)
- jeu de données possible (bois malgaches, plein d'espèces, 3-25 arbres / espèces, image HSI, spectro Nir, Couleur, image RGB) à voir

* impact de la grève : pas de formation  GitHub cet après midi

1- Points divers
- internationalisation  CheMoocs :
  • première étape : sous titrer
  • You tube -> fait une traduction automatique qu'on pourrait utiliser / améliorer
    • sous traiter ?
  • deuxième étape : traduire les documents, les exercices
  • étape ultime : migrer vers une plateforme anglophone
  • TODO : le faire en collaboration avec des étrangers -> JM Roger en parle à Miniartic à Rome
  • Rasmus Bro nous a fait un retour positif sur  ChemFlow

- webinaires  CheMoocs: fixer dates
sondage : 21 octobre
Maxime R se propose pour animer

- enregistrement témoignages ; Florac :pour mettre sur le site Chemproject
  • a priori Ok pour Florac
  • repérer les participants à l'avance lors d' HelioSpir :
    • rado, kossi, belal, maxime M, karima, julien Louet
    • questions :
      • dans quel cadre avez vous participé / utilisé Chemoocs et chemflow ?
      • avez vous terminé chemoocs ?
      • à quelle fréquence utilisez vous chemflow?
      • que vous a appris chemoocs ?
      • à quoi vous sert chemflow ?
  • problème de la facturation :
    • soit ITAP avance sur le projet chemhouse: pressenti
    • soit  HelioSPIR?
  • jour = le 14 octobre
- infos Chemomics :
  • plaquette envoyée
  • vérifier / cadrer l'intervention des keynotes (JCB) : DNR et A Paris
  • use case : NIRS, RMN, et MS : 30 minutes
  • réserver 2 véhicules Irstea (MM)

- Fabrice Davrieux, Cirad, convaincu par Chemflow; 3 possibilités:
1) se connecter au web; 2) machine virtuelle; 3) chembook = pré-installé sur un ordi
projet de fondation Bill Gates projet Rtb Food
il participera à Chemflow le 8 octobre

2 - Présentation Matthieu : Base "plants"
Aujourd'hui : chacun se crée une base homogène à partir d'une base globale et se fait son étalonnage -> espèce de locale compilée manuelle
Idée : faire une PLS Locale pour tout le monde ; faire des prédictions automatisées, via le web. Un partenaire upload ses spectres et obtient ses prédictions
- état actuel : 12477, X, Y et métadonnées
- métadonnées :
  • type d'échantillon (séché, broyé, etc)
- X différents spectro
- Y 9 variables
3 - convention accueil Gilles Chaix à ChemHouse (pour le moment sans frais d'accueil)
JMR se renseigne sur la faisabilité

4 - jeu de données possible (bois malgaches, plein d'espèces, 3-25 arbres / espèces, image HSI, spectro Nir, Couleur, image RGB) à voir
GC : commence à préparer les jeux de données