Chemomics 2021


Les supports et les comptes-rendus des discussions de la formation sont disponibles ICI

Vous pouvez les télécharger pour les consulter.

Ils comprennent: les enregistrements vidéo des ateliers, les présentations des animateurs, la synthèse faite par notre secrétaire d'atelier, les commentaires des participants dans le chat.

Soyez indulgents, on a pu oublier quelques ressources :)

Pour mémoire, le programme:

lundi 15 mars 2021 14h Intro Chemomics

lundi 15 mars 2021 14h30-18h Discrimination, OPLS-DA

L'OPLS-DA est populaire en métabolomique, mais pas dans d'autres communautés. Cet atelier avait pour but de revenir sur cette méthode, ses propriétés, applications, limites.

mardi 16 mars 2021 9h-10h30 mini atelier Méthodes de normalisation
Les différentes normalisation ont été exposées :
• Correction d’échantillons de concentrations différentes par une correction à l’aide d’un facteur intrinsèque.
• Une autre est l’utilisation de standards internes.
• Analyse de contrôle qualité avec des échantillons de référence - QC. On utilise un échantillon qui est commun à toutes les séries d’analyses. On peut aussi le même échantillon dilué deux fois et vérifier la proportionnalité. Cela permet de construire des séquences d’analyses de collections. Un effet de rang des QC est signe d’une dérive de la mesure analytique.
• Méthodes basées sur les données pour éliminer le bruit

Puis un focus particulier a été fait sur les problèmes posés par certaines méthodes, comme SNV. Les méthodes RNV (Robust Normal Variate), PQN (Probabilistic Quotient Normalisation) et VSN (Variable Sorting for Normalisation) ont été présentées et illustrées.

mardi 16 mars 2021 11h-12h30 mini-atelier sur les formats de données de Chemflow et W4M

mardi 16 mars 2021 14h-17h30 Modèles: réglage de la dimension, validation

mercredi 17 mars 2021 9h-12h30 MB4chem, méthodes multitableaux

Plusieurs méthodes multitableaux ont été publiées ces dernières décennies. Malgré des présentations différentes, elles ont de très nombreux points communs. MB4chem est un outil multitableaux avec une présentation unifiée de ces méthodes, conçu par Oniris en lien avec les partenaires de Chemomics. Cet outil en langage Matlab a été intégré à l'application web de chimiométrie Chemflow pour une première phase de développement, avec pour perspective une implémentation dans l'application web de métabolomique W4M dans un second temps.

mercredi 17 mars 2021 14h-15h30 mini-atelier Sélection de variables
Les différentes méthodes de sélection de variables ont été présentées, en croisant :

Les objectifs :
A. Pour résoudre le problème de conditionnement ou de dimensionnement
B. Pour améliorer un modèle
C. Pour identifier des variables importantes

Les catégories de méthodes :
1. Les filtres (filters)
2. Les méthodes embarquées (embedded)
3. Les méthodes bobinées (wrappers)

mercredi 17 mars 2021 16h-17h30 mini-atelier Recul statistique

jeudi 18 mars 2021 9h-12h30 Composante temporelle