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Bilan de Chemomics


La 1ère édition de l'école CHEMOMICS s'est déroulée du 18 au 21 Novembre 2019 à Sète. Cette école, organisée par 14 personnes venues des communautés scientifiques Metabohub (W4M) et Chemoocs /Chemhouse (Chemflow) avec le service formation permanente de l'INRA Montpellier, est une école technique interdisciplinaire métabolomique et chimiométrie. Elle a eu pour but de rapprocher ces deux communautés, afin d’initier des axes de travail en commun qui se poursuivront au-delà de l’école. Ainsi, les aspects “découverte”, “discussion” et “participation de tous” ont été au cœur de cette école basée sur le principe pédagogique du Barcamp, ou non-conférence, qui prend la forme d’ateliers-événements participatifs où le contenu et les livrables sont fournis par les participants et leurs activités.

Des sessions scientifiques ont présenté les points communs et les spécificités de chaque communauté :
  • « RMN : une étude de cas, sous l’angle de la métabolomique » avec Cécile Canlet (INRA Toxalim Toulouse),
  • « RMN : une étude de cas, sous l’angle de la chimiométrie » introduite par une conférence invitée de Douglas Rutledge (Agroparistech Paris),
  • « Spectrométrie de masse, sous l’angle de la métabolomique » par Jean-François Martin (INRA),
  • « Traitement des spectres proche infrarouge » avec Jean-Michel Roger (IRSTEA ITAP Montpellier - Chemhouse),
  • « Histoire et avenir de la chimiométrie » introduite par une conférence invitée de Douglas Rutledge (Agroparistech Paris),
  • « Histoire des approches statistiques en métabolomique » avec Alain Paris (MNHN - MCAM).

Puis des ateliers participatifs se sont tenus mardi et mercredi en ayant l'obligation de rendre un contenu.
Le mardi 19 novembre à Sète a eu lieu 2 temps "ateliers" autour de sujets choisis par les participants :
  • ICA, MCR, Déconvolution
  • Validation de modèle, et Robustesse : Validation
  • Multiblocs, Fusion de données
  • Filtrage, évaluation bruits
  • Sélection de variables
  • Workflow W4M et Chemflow, prétraitements format de données
  • Données manquantes NA
  • Prendre du recul avec les stats ou les stats ou ? quoi ? comment ?
  • Traitement sans a priori, Normalisation

Le mercredi 20 novembre à Sète dédiée à une journée de production de code par groupe autour de jeux de données RMN ou de spectroscopie de masse.

Cette école a rassemblé 37 participants doctorants, chercheurs, ingénieurs venus des instituts et des personnes d'entreprises privées.

Des suites à Chemomics

un article proposé par Douglas Rutlegde sur l'effet Rashomon BroadhurstStatisticalStrategiesFalseDiscoveries2006.pdf (0.9MB)

Les données :

Destinées aux activités du 20 novembre.

-> Un jeu de données masse : Diaplasma.zip (2.8MB)
-> Un jeu de données RMN : RMN_bisphenol_A.zip (0.2MB)
-> Les données RMN au format matlab : data.mat (0.1MB)
-> Les spectres RMN prétraités par VSN : sp_vsn.tabular (0.2MB)

Les pads de l'école chemomics:


LC Spectro de masse (groupe Alouette)
http://pad.cdrflorac.fr/p/alouette

LC Spectro de masse (groupe Aigrette)
http://pad.cdrflorac.fr/p/aigrette

RMN (groupe Méditerranée)
http://pad.cdrflorac.fr/p/mediterranee

ICA, MCR, Déconvolution
http://pad.cdrflorac.fr/p/ICA-MCR-D%C3%A9convolution
Validation de modèle, et Robustesse : ValiDation
http://pad.cdrflorac.fr/p/Validation_de_mod%C3%A8le_robustesse
Multiblocs, Fusion de données
http://pad.cdrflorac.fr/p/multiblocs_fusion_de_donn%C3%A9es
support restitution groupe mardi AprEm
Filtrage, évaluation bruits
http://pad.cdrflorac.fr/p/Filtrage_%C3%A9valuation_bruits
Sélection de variables
http://pad.cdrflorac.fr/p/S%C3%A9lection_de_variables
http://pad.cdrflorac.fr/p/Sélection_de_variables2
Workflow W4M et Chemflow, prétraitements format de données
http://pad.cdrflorac.fr/p/Workflow_W4M_et_Chemflow
Données manquantes NA NotAvailable
http://pad.cdrflorac.fr/p/donn%C3%A9es_manquantes
Prendre du recul avec les stats ou les stats ou ? quoi ? comment ?
http://pad.cdrflorac.fr/p/du_recul_avec_les_stats
Traitement sans a priori, Normalisation
http://pad.cdrflorac.fr/p/Traitement_sans_a_priori
Production_du_groupe__analyses_HRMS_sans_a_priori.pdf (0.1MB)
Échantillonnage plan d'expériences
http://pad.cdrflorac.fr/p/echantillonage
Présentation__Echantillonnage__Plans_dexprience.pptx (40.9kB)
Retour sur les ateliers - Questions
http://pad.cdrflorac.fr/p/chemomicsnotes

Keynote

Histoire des approches statistiques en métabolomique - Alain Paris Histoire_Stat_Metabolomique_Ste_2019_AParis_1.pdf (3.0MB)
De l'histoire de la chimiométrie - Douglas Rutledge History_of_Chemometrics.pdf (1.1MB)

Modules introductifs

RMN; une étude cas sous l'angle de la métabolomique - Cécile CanletChemomics_NMR_Cecile_Canlet_181119.pdf (1.5MB)
RMN; une étude cas sous l'angle de la chimiométrie - Douglas Rutledge Chemometrics_for_NMR.pdf (3.2MB)
Spectrométrie de masse; une étude de cas sous l'angle de la métabolomique - Jean-François Martin CHEMOMICS2019_HRMS_JFMartin.pdf (2.1MB)
Spectrométrie infrarouge; une étude de cas sous l'angle de la chimiométrie - Jean-Michel Roger spir_case_study.pdf (1.0MB)